Vào tháng 12 năm 1954, Ishinomori đã xuất bản tác phẩm đầu tiên của mình, Nikyuu Tenshi, trong Manga Shonen. Năm 1956, ông chuyển đến Tokyo và trở thành trợ lý cho Osamu Tezuka. Trong thời gian làm việc dưới thời Tezuka, Ishinomori đã làm việc cho Astro Boy và Alakazam Đại đế. Năm 1960, Ishinomori xuất bản Flying Phantom Ship và năm 1969 nó được chuyển thể thành phim hoạt hình. Cyborg 009, được tạo ra vào năm 1963, trở thành đội siêu anh hùng đầu tiên được tạo ra ở Nhật Bản với chín chiến binh. Cùng năm đó, Kazumasa Hirai và Jiro Kuwata đã tạo ra siêu anh hùng Android đầu tiên của Nhật Bản, 8 Man (trước đó là Kikaider của Ishinomori). Thành công của loạt phim truyền hình siêu anh hùng tokusatsu Kamen Rider, do Toei Company Ltd. sản xuất năm 1971, đã dẫn đến sự ra đời của siêu anh hùng "Biến hình" (henshin) (siêu anh hùng có kích cỡ người biến đổi bằng cách tạo dáng và sử dụng võ thuật để chiến đấu với tay sai và quái vật hàng tuần), và kết quả là nhiều chương trình tiếp theo được ra đời cho đến ngày nay. Ishinomori sau đó đã tạo ra nhiều bộ phim truyền hình siêu anh hùng tương tự, một lần nữa tất cả được sản xuất bởi Toei hoặc Toei Animation của Sarutobi Ecchan, bao gồm Android Kikaider, Henshin Ninja Arashi, Inazuman, Robotto Keiji, Himitsu Sentai Gorenger - Super Sentai đầu tiên, Akumaizer 3, Sarutobi Ecchan, Series hài kịch Toei Fushigi, và vô số người khác. Anh ấy thậm chí còn tạo ra các chương trình thiếu nhi nổi tiếng như Hoshi no Ko Chobin (Chobin, Child of the Stars, 1974, hợp tác sản xuất với Studio Zero, một thành công lớn trên truyền hình Ý) và Ganbare !! Robokon. Năm 1963, ông cũng thành lập công ty anime Studio Zero. Từ năm 1967 đến 1970, manga 009-1 đã được xuất bản trong ấn phẩm Futabasha xuất bản Weekly Manga Action. Nó được viết và minh họa bởi Ishinomori. Có một bộ phim truyền hình về nó vào năm 1969 và cuối cùng là một bộ phim hoạt hình vào năm 2006. Nghệ thuật của Ishinomori gợi nhớ đến người thầy của ông, Osamu Tezuka. Câu chuyện có thật về cuộc gặp gỡ đầu tiên của ông với Tezuka được minh họa trong bốn trang ngắn. câu chuyện được vẽ lên như một tài liệu bổ sung cho tái bản truyện tranh Astro Boy thập niên 1970. Năm 1954, Ishinomori đã gửi tác phẩm chính thức đầu tiên của mình, Nikyu Tenshi, đến một cuộc thi tìm kiếm tài năng mới trên tạp chí, Manga Shōnen. Tezuka bị ấn tượng bởi những bức vẽ của anh ấy và gửi một bức điện tín cho Ishinomori, yêu cầu anh ấy làm trợ lý với Astro Boy. Trong bản phát hành tại Mỹ, câu chuyện này có thể được nhìn thấy trong Tập 15, cùng với tác phẩm sớm nhất của Ishinomori về vòng cung câu chuyện "Electro". Sau khi tốt nghiệp trung học năm 1956, Ishinomori chuyển đến Tokiwa-so với Tezuka, và sống ở đó cho đến cuối năm 1961. Ishinomori cũng minh họa một bộ phim chuyển thể từ trò chơi video Super NES The Legend of Zelda: A Link to the Quá khứ, được sản xuất cho ấn phẩm Nintendo Power của Mỹ. Truyện tranh bao gồm 12 chương, được xuất bản nối tiếp từ tháng 1 năm 1992 (Tập 32) đến tháng 12 năm 1992 (Tập 43). Truyện tranh đã được tái bản dưới dạng một bộ tiểu thuyết đồ họa vào năm 1993, và, vào năm 2015, đã được in lại thông qua Viz Media. Vào cuối năm 1997, Kazuhiko Shimamoto, một họa sĩ truyện tranh trẻ và sắp ra mắt đã được liên lạc với một Shotaro Ishinomori ngày càng ốm yếu và hỏi liệu anh ta có tiếp tục (mặc dù nhiều hơn trong một bản làm lại) của 100 trang, một -shot manga từ năm 1970, Skull Man (bộ truyện tranh đã trở thành nền tảng cho Kamen Rider). Ishinomori, người từng là một trong những anh hùng thời niên thiếu của Shimamoto, đã fax cho anh ta các bản sao của câu chuyện được đề xuất và ghi chú cốt truyện. Shimamoto đã rất ngạc nhiên khi anh ấy được chọn để làm việc cho tác phẩm tuyệt vời cuối cùng của thần tượng của mình. Shimamoto đã tham gia vào sự hồi sinh của một trong những tác phẩm khác trước đó của Ishinomori (bao gồm Kamen Rider) nhưng anh không hề mơ rằng, chỉ một trong số nhiều người mà Ishinomori đã truyền cảm hứng, anh sẽ được chọn cho sự hợp tác cuối cùng và hồi sinh của Skull Man. Nó cũng được chuyển thể thành anime vào năm 2007.[1]